1998 : c’est le début de la deuxième guerre du Congo, conséquence du genocide rwandais commis 4 ans plus tôt. Sergent Xavier, héros de guerre rwandais, est envoyé sur le front congolais pour continuer à traquer ceux qui ont perpétré le génocide dans son pays. Faustin, jeune recrue, vit sa première guerre et compte bien venger les siens. Mais lorsque les deux soldats perdent leur troupe, ils se retrouvent seuls et sans ressources dans la jungle congolaise, la plus grande et la plus meurtrière du continent africain.

Dans la jungle du Kivu au Congo, Sergent Xavier, héros de guerre rwandais, et le jeune et inexpérimenté soldat Faustin sont en territoire ennemi où ils combattent une guerre floue. Lorsque les deux hommes perdent leur bataillon, ils se retrouvent seuls et sans ressources face à l’inextricable jungle congolaise réputée pour être la plus vaste, la plus dense et la plus hostile du continent.

Pris en étau par les combats qui font rage tout autour d’eux et où on ne distingue plus les ennemis des alliés, ils n’ont d’autre choix que de s’enfoncer dans un enfer vert. En quête d’eau, de nourriture, et toujours à la recherche d’une issue, ils sont exposés à une hostilité omniprésente. Seuls, ils doivent surtout affronter leurs propres démons.

Film sur la guerre au discours antimilitariste, La miséricorde de la jungle expose les plaies béantes laissées par les affrontements et questionne la place de l’humanité dans les conflits armés.